伝教大師最澄が出家・得度し所属していた寺で、近江国分寺とされる。「撰時抄」に「後には比叡山と号す」（263㌻）とあることから、日蓮大聖人の時代には、伝教大師が比叡山に建てた草庵であり、延暦寺の前身である比叡山寺であるという伝承があったと思われる。